聖徳太子が創建した学問修行の道場・熊凝精舎（くまごりしょうじゃ）の旧地であり、推古天皇はこの精舎に寺号《額安寺》を賜ったと伝わっています。
奈良時代の『額田寺伽藍並条里図』によれば、金堂・講堂が南北に並び、中門の東南に三重塔が建つという本格的なものでしたが、平安時代には寺勢が衰えました。
その後、鎌倉時代には、西大寺の叡尊と忍性によって再興されましたが、明応８（1499）年の兵火で焼失して衰微し、慶長２（1597）年に豊臣秀吉から与えられた寺領が、江戸時代も安堵されました。
江戸後期から明治にかけては廃寺の危機もありましたが、昭和から平成にかけて復興され、今に至ります。
本堂のみが、慶長11（1606）年の再興で、寄棟造の落ち着いた建物です。
本尊は、室町時代の作といわれる十一面観音像で重要文化財に指定されています。
また、奈良時代に作られた日本最古といわれる虚空蔵菩薩像（重要文化財）は、奈良国立博物館寄託されています。
なお、寺の北の墓地内にある「鎌倉墓」とよばれる八基の石の五輪塔も重要文化財に指定されており、一番大きなものから忍性菩薩の骨蔵器が発見されています。