「ぽっくり寺」としても知られる吉田寺の多宝塔（室町時代・重要文化財）は、丈六阿弥陀如来像を刻まれた栗樹の切り株の跡に建立されたと伝えられている二重の塔で、通常非公開となっています。
内部には、恵心僧都の父・卜部正親公の追善のための秘仏・大日如来像が安置されています（例年より長く開扉いたします。期間内は大日如来さまの特別御朱印も承ります）。